(一) 扣繳暨免扣繳憑單申報

所得稅法第88條各類所得稅款之扣繳義務人，應於每月10日前將上一月內所扣稅款向國庫繳清，並於每年1月底前將上一年內扣繳各納稅義務人之稅款數額，開具扣繳憑單，彙報所轄稽徵機關查核，並應於2月10日前將扣繳憑單填發納稅義務人。每年1月遇連續3日以上國定假日者，扣繳憑單彙報期間延長至2月5日止，扣繳憑單填發期間延長至2月15日止。但營利事業有解散、廢止、合併或轉讓，或機關、團體裁撤、變更時，扣繳義務人應隨時就已扣繳稅款數額，填發扣繳憑單，並於10日內向所轄稽徵機關辦理申報。 非中華民國境內居住之個人，或在中華民國境內無固定營業場所之營利事業，有所得稅法第88條規定各類所得時，扣繳義務人應於代扣稅款之日起10日內，將所扣稅款向國庫繳清，並開具扣繳憑單，向所轄稽徵機關申報核驗。

(二) 股利憑單申報

1. 營利事業分配屬86年度或以前年度的股利或盈餘予居住者股東，自87年1月1日起無需辦理扣繳，惟仍應將免扣繳憑單填發納稅義務人，並向所轄稽徾機關辦理扣繳暨免扣繳憑單申報。
2. 凡依所得稅法第66條之1規定，應設置股東可扣抵稅額帳戶之營利事業，應於每年1月底前，將上年度內分配予股東或社員屬87年度或以後年度之股利或盈餘，填具股利憑單申報書，一併向所轄稽徵機關彙報；並應於2月10日前將股利憑單填發納稅義務人。每年1月遇連續3日以上國定假日者，扣繳憑單彙報期間延長至2月5日止，扣繳憑單填發期間延長至2月15日止。但營利事業遇有解散或合併時，應隨時就已分配之股利或盈餘填具股利憑單，並於10日內向所轄稽徵機關申報。
3. 依103年6月4日總統華總一義字第10300085101號令修正公布所得稅法第66條之6及第126條規定，自104年1月1日起營利事業分配股利（或盈餘），於計算股東可扣抵稅額時，其屬中華民國境內居住之個人股東（或社員）之可扣抵稅額＝股利（或盈餘）淨額×稅額扣抵比率×50%。扣繳單位應依分配年度選擇適用「限分配日於103年12月31日以前之盈餘」或「限分配日於104年1月1日以後之盈餘」專用之憑單。