本局對民眾稅務案件之申請，開放以下三種方式，而依申請方式之不同，申請程序也不同，說明如下：
一、民眾親赴櫃檯申請(臨櫃申辦)：
本局在總局及各分局、稽徵所均設置有「全功能服務櫃檯」，受理民眾查詢、申辦及發證等二十餘項業務，您只要備齊身分證明及相關應檢附之證明文件，不需填寫申請書表，即可於櫃檯完成您的申請事項。
二、透過網路申辦：
本局網站「服務園地>線上服務」提供「線上申辦」，您可透過該網頁的說明選擇您要申辦的項目「(含需CA《自然人憑證》及免CA申辦)」，將申請表格各欄項填寫清楚，即可經由網路的傳輸，完成申請手續，但要注意的是，部分項目須於規定的期限內補齊相關證明文件方能受理。
您需要填寫相關申請書表，或自行撰寫申請書，並備齊相關應檢附之證明文件，透過郵寄方式，或至本局總局、各分局、稽徵所之總收文送件；親自送件者，將可取得蓋有本局收件編號之回條。申請書表可透過以下3種方式取得：
- 至本局網站「服務園地>申辦書表」點選「書表及範例下載」(連結至財政部稅務入口網)。
- 至本局總局或各分局、稽徵所服務櫃檯索取。
- 寫信至本局索取（需註明書表名稱、所需份數及個人基本資料）。
屬於上述網路申請及書面申請之案件，於本局收案後，即透過相關管理系統管制案件之處理流程，經由一般公文的處理程序（包括分文、承辦、陳核及發文），並依照「人民申請案件之處理時限」，完成您案件之處理作業，處理過程中，本局提供案件處理進度查詢服務，如為網路申請案件，請您依據本局提供之收案編號透過網站(連結至財政部稅務入口網)查詢；如為書面申請案件，則請您以電話(02-23113711)查詢
四、委託代理人申請時，應檢附委任書或授權書。