銷售稅組掌理營業稅稽徵作業規劃、營業稅案件選查、開立不實發票營業人查核管制、貨物稅、菸酒稅、證券交易稅、期貨交易稅、特種貨物及勞務稅、違章檢舉案件之調查及稽徵等事宜。分設七股，其職掌如下：
| 股別 | 業務職掌 |
|---|---|
| 營業稅一股 | (一) 稅籍登記及稅籍管理相關事項。 (二) 查定課徵綜合事項。 (三) 兼營營業人調整稅額綜合事項。 (四) 績優營業人選拔事項。 (五) 外籍旅客退稅作業相關事項。 (六) 外商來台參展退稅作業。 (七) 溢付稅額清理相關事項。 (八) 專案作業計畫之擬訂及推動。 (九) 分局、稽徵所營業稅稽徵業務之規劃、督導及考核。 (十) 營業稅法令疑義之請釋及解答。 (十一) 其他行政事項之處理。 (十二) 臨時交辦事項。 |
| 營業稅二股 | (一) 營業稅申報作業相關業務(含電子申報作業)。 (二) 統一發票管理、規劃及給獎等相關事項。 (三) 電子發票相關業務。 (四) 統一發票稽查作業綜合事項。 (五) 停止營業處分核定事項。 (六) 營業人合併總繳及撤銷總繳相關業務。 (七) 營業人放棄免稅相關業務。 (八) 專案作業計畫之擬訂及推動。 (九) 分局、稽徵所營業稅稽徵業務之規劃、督導及考核。 (十) 營業稅法令疑義之請釋及解答。 (十一) 其他行政事項之處理。 (十二) 臨時交辦事項。 |
| 營業稅三股 | (一) 進口、出口及退稅相關作業事宜。 (二) 交查異常及課稅資料蒐集、整理、通報查核管制事項。 (三) 其他區局通報營業稅案件之核轉。 (四) 營業稅責任目標之擬定及績效統計。 (五) 專案作業計畫之擬訂及推動。 (六) 分局、稽徵所營業稅稽徵業務之規劃、督導及考核。 (七) 營業稅法令疑義之請釋及解答。 (八) 其他行政事項之處理。 (九) 臨時交辦事項。 |
| 特種消費稅股 | (一) 貨物稅及菸酒稅：
(六) 臨時交辦事項。 |
| 查緝一股 | (一) 檢舉、違章案件之查核。 (二) 虛報薪資案件之規劃及查核。 (三) 開立不實統一發票營業人案件之規劃及查核。 (四) 其他機關通報案件之查核（含會審通報案件）。 (五) 財政部賦稅署稽核組通報違章案件之核轉。 (六) 分局、稽徵所檢舉、違章業務之督導及考核。 (七) 臨時交辦事項。 |
| 查緝二股 | (一) 檢舉、違章案件之查核。 (二) 虛報薪資案件之查核。 (三) 開立不實統一發票營業人案件之查核。 (四) 其他機關通報案件之規劃及查核（含會審通報案件）。 (五) 財政部賦稅署稽核組通報違章案件之核轉。 (六) 分局、稽徵所檢舉、違章業務之督導及考核。 (七) 臨時交辦事項。 |
| 查緝三股 | (一) 檢舉、違章案件之規劃及查核。 (二) 虛報薪資案件之查核。 (三) 開立不實統一發票營業人案件之查核。 (四) 其他機關通報案件之查核（含會審通報案件）。 (五) 財政部賦稅署稽核組通報違章案件之規劃及核轉。 (六) 分局、稽徵所檢舉、違章業務之規劃、督導及考核。 (七) 臨時交辦事項。 |