綜所遺贈稅組掌理綜合所得稅、遺產稅、贈與稅之申報收件、調查、核定、課稅資料蒐集及相關行政等事宜。分設八股，其職掌如下：
| 股別 | 業務職掌 |
|---|---|
| 綜合所得稅一股 | (一) 分局、稽徵所綜合所得稅稽徵審查作業之規劃、督導及考核。 (二) 年度綜合所得稅結算申報書、個人房屋土地交易所得稅申報書及各式憑單等書表格式之修訂。 (三) 綜合所得稅及扣繳法令疑義之請釋及解答。 (四) 分局、稽徵所綜合所得稅責任目標之編配及督導。 (五) 各類所得扣繳檢查業務之規劃、管制及考核。 (六) 綜合所得稅減免案件之審查。 (七) 非扣繳所得資料(含多層次傳銷事業參加人進貨資料、緩課股票轉讓所得、個人一時貿易、生技新藥、技術作價等)申報收件、管制及審查作業規劃。 (八) 共同申報及盡職審查作業規劃。 (九) 台商回台投資稅務諮詢服務、境外資金匯回專法相關業務規劃與查核。 (十) 受控外國企業（CFC）申報及審查作業規劃。 (十一) 其他有關綜合所得稅及扣繳稽徵業務之處理。 |
| 綜合所得稅二股 | (一) 各類所得扣(免)繳憑單、股利憑單、信託財產各類所得憑單、綜合所得稅申報收件作業之規劃、推廣、督導、成果考核及申報成果之統計分析。 (二) 綜合所得稅及各式憑單申報書表之統計、彙整、請印(購)、管控及銷燬。 (三) 綜所稅異常案件審查作業之規劃及考核。 (四) 非營利事業扣繳單位設立(異動)資料之通報、統一編號編配管制作業。 (五) 於綜合所得稅結算申報期間，受理納稅義務人查詢課稅年度所得資料及申請所得資料限制、分開提供作業之規劃、督導。 (六) 非自住房屋租賃所得查核業務之規劃及考核。 (七) 財產交易所得(舊制)查核業務之規劃及考核。 (八) 一般租金標準與財產交易所得標準擬訂。 (九) 個人房屋土地交易所得稅查核業務之規劃及考核。 (十) 其他有關綜合所得稅及扣繳稽徵業務之處理。 |
| 綜合所得稅三股 | (一) 綜合所得稅、遺產及贈與稅（非申報案件）課稅資料蒐集、規劃、執行、整理、通報及管制。 (二) 綜合所得稅各項所得傳票通報及管制。 (三) 審查案件之分案、派查及管制。 (四) 執行業務暨其他所得稅籍維護、審查案件相關帳證之檢收及發還。 (五) 執行業務資料袋、標籤、歸戶清單及公證租賃資料表請印(購)及管控。 (六) 公文之收發及管制。 (七) 績效統計。 (八) 其他行政事項之處理。 |
| 執行業務股 | (一) 執行業務者、私人辦理補習班、幼兒園及養護療養院所等年度審查作業計畫之擬訂及執行。 (二) 執行業務者、私人辦理補習班、幼兒園及養護療養院所等業務收入函訪查作業之擬訂及執行。 (三) 執行業務暨其他所得者書面審查標準之擬訂。 (四) 執行業務暨其他所得者收入及費用標準之調查及擬訂。 (五) 執行業務暨其他所得收支報告表之修訂。 (六) 執行業務暨其他所得者申報作業相關業務(含電子申報作業)。 (七) 其他有關執行業務暨其他所得稽徵業務之處理。 |
| 個案調查股 | (一) 個案調查作業計畫之擬訂及執行。 (二) 其他專案案件之審查及核簽。 |
| 外僑股 | (一) 外僑所得稅稽徵業務之規劃、收件、核定及徵課。 (二) 外僑個人房屋土地交易所得稅之收件、核定及徵課。 (三) 外僑綜合所得稅各項申報作業應用書表之統計、彙整、請印(購)、管控及銷燬。 (四) 華僑及外國自然人投資證券申報納稅代理之受理及外僑居住者證明之核發。 (五) 外僑所得暨課稅資料之蒐集、通報及調查。 (六) 其他有關外僑綜合所得稅稽徵業務之處理。 |
| 遺產及贈與稅一股 | (一) 遺產稅申報及逾期未申報案件之調查、核定。 (二) 遺產捐贈不計入遺產總額、農業用地核准扣除及生存配偶剩餘財產差額分配請求權等案件之追查。 (三) 遺產稅核定案件申請更正之審查。 (四) 遺產稅收件、審查案件之規劃及執行。 (五) 分局稽徵所遺產稅稽徵業務之規劃、督導及考核。 (六) 遺產稅法令疑義之請釋及解答。 (七) 申請遺產稅延期申報之受理。 (八) 遺產稅各項申報作業應用書表之統計、彙整、請印（購）、管控及銷燬。 (九) 遺產稅通知申報及催報作業。 (十) 其他有關遺產稅稽徵業務之處理。 |
| 遺產及贈與稅二股 | (一) 贈與稅申報及逾期未申報案件之調查、核定。 (二) 農業用地不計入贈與總額及資金列管等案件之追查。 (三) 贈與稅核定案件申請更正、撤銷之審查。 (四) 贈與稅收件、審查案件之規劃及執行。 (五) 分局稽徵所贈與稅稽徵業務之規劃、督導及考核。 (六) 贈與稅法令疑義之請釋及解答。 (七) 申請贈與稅延期申報之受理。 (八) 贈與稅各項申報作業應用書表之統計、彙整、請印(購)、管控及銷燬。 (九) 其他有關贈與稅稽徵業務之處理。 |