主計室掌理歲計、會計及統計等事項。分設四股，其職掌如下：
| 股別 | 業務職掌 |
|---|---|
| 預決算股 | (一) 單位概算、預算編製。 (二) 歲出分配預算及相關事項之辦理。 (三) 歲出預算保留之申請。 (四) 動支預備金之申請。 (五) 單位決算編製。 (六) 採購案件之監辦。 (七) 經費類內部審核業務之執行。 (八) 其他交辦事項。 |
| 經費股 | (一) 經費類各項憑證審核、記帳憑證之編製及會計簿籍之登載、清理與核結。 (二) 經費類會計憑證、簿籍及會計案卷之整理及保管。 (三) 會計報告之編報。 (四) 代收代付款處理。 (五) 預算執行控制及經費流用。 (六) 採購案件之監辦。 (七) 經費類內部審核業務之執行。 (八) 其他交辦事項。 |
| 徵課股 | (一) 歲入概算、預算及決算之編製。 (二) 歲入分配預算及相關事項之辦理。 (三) 歲入類各項憑證審核、記帳憑證之編製及會計簿籍之登載、清理與核結。 (四) 徵課類原始憑證及代傳票之核對。 (五) 歲入類及徵課類會計憑證、簿籍、報表之裝訂、整理及保管。 (六) 會計報告之編報。 (七) 歲入類內部審核業務之執行。 (八) 其他交辦事項。 |
| 統計股 | (一) 公務統計之編報及分析。 (二) 主計人員之任免、遷調、獎懲、考核案件之擬辦。 (三) 賦稅署統一發票推行宣導及防制菸品稅捐逃漏等活動經費審核、傳票及付款憑單之編製。 (四) 公文之收發、催辦與管理。 (五) 其他綜合業務事項。 |