綜合行政組掌理規劃設計、研究發展、管制考核、各稅審查案件之覆核、納稅服務及租稅宣導等事宜。分設五股，其職掌如下：
| 股別 | 業務職掌 |
|---|---|
| 規劃設計股 | (一) 施政計畫之擬訂及中長程個案計畫之管制。 (二) 人力調整相關規劃業務(含臨時人力)。 (三) 創意提案及研究發展相關業務。 (四) 本局內、外部網站規劃作業。 (五) 業務作業手冊及查核技術手冊之維護。 (六) 數位學習平台課程管理。 (七) 本局圖書資料庫之管理。 (八) 其他行政事項之處理。 |
| 管制考核股 | (一) 重要業務及交辦案件之管制。 (二) 財政部及本局稽徵業務考核相關作業。 (三) 稅務獎勵金核發相關作業。 (四) 公文流程之稽催、管制與檢核作業。 (五) 公務分層負責明細表、各項業務資料冊籍保管年限表及公文定型稿之維護。 (六) 本局局務會議之籌辦。 (七) 本局風險管理(含內部控制)及危機處理作業之規劃及推動。 (八) 監察院(含審計部)通知事項之管制及彙辦。 (九) 覆核案件之派查、稽催及管制作業。 (十) 公文之收發及管制。 (十一) 其他行政事項之處理。 |
| 稽核股 | (一) 各稅案件之覆核。 (二) 各稅專案稽核業務。 (三) 其他行政事項之處理。 |
| 服務股 | (一) 國稅法令疑義解答。 (二) 為民服務業務規劃、執行、考核及統計分析。 (三) 人民陳情案件蒐集、通報、管制、統計及分析。 (四) 全功能櫃檯服務。 (五) 其他行政事項之處理。 |
| 租稅教育及宣導股 | (一) 各項國稅法令宣導、宣導活動、宣導文宣編印、媒體宣傳之規劃及執行 (二) 新聞發布作業計畫之擬訂、協調及管制。 (三) 租稅教育、各項稅務講習會、座談會及學生服務隊之規劃及執行。 (四) 上級機關考核租稅教育與宣傳績效之聯繫及彙辦。 (五) 其他行政事項之處理。 |